Auvergne Bioinformatics platform at UCA Mesocentre - Université Clermont Auvergne Accéder directement au contenu
Poster De Conférence Année : 2020

Auvergne Bioinformatics platform at UCA Mesocentre

Résumé

Le mésocentre, qui fait partie de l'Université de Clermont Auvergne (UCA), fournit des services de calcul haute performance pour les données scientifiques et le stockage à court terme grâce à un réseau d'installations technologiques de base. Ces offres sont faites pour aider les scientifiques pluridisciplinaires dans leurs projets de calcul. Nous hébergeons actuellement une ferme informatique d'environ 800 cœurs ; 40 nœuds pour une utilisation modérée de la mémoire (<256 Go) ; un supercalculateur SMP composé de 384 cœurs et de 12 To de mémoire ; plus une technologie GPU (8 GPU de 5120 cœurs chacun) ; une plateforme de cloud computing - basée sur la technologie Openstack - avec un total de 960 cœurs physiques et 9 To de mémoire ; et un stockage CEPH d'une capacité d'au moins 1 To par utilisateur. Hébergée par le Mésocentre, la plateforme de bio-informatique d'Auvergne (AuBi) est membre de l'Institut français de bio-informatique (IFB, https://www.france-bioinformatique.fr/en/platforms/AUBI). La plate-forme AuBi vise à partager les expertises et les connaissances en matière de traitement et d'analyse de données à grande échelle en fournissant un environnement informatique complet avec des infrastructures matérielles et logicielles pour 9 laboratoires de recherche. La plate-forme AuBi est ensuite impliquée dans différents projets appartenant aux domaines de la génomique, de la métagénomique, de la transcriptomique, de la modélisation et de l'imagerie, entre autres [1,2,3]. De plus, nous soutenons les laboratoires de l'UCA et leurs associés dans leurs efforts pour maintenir et améliorer leurs scripts et pipelines utilisés sur notre infrastructure, ainsi qu'un accès facile aux banques de données publiques reflétées par le BioMAJ [4]. Un autre aspect du travail de la plateforme AuBi consiste à faciliter l'accès au calcul par le biais de Galaxy [5] et d'une installation de stockage des métadonnées d'images par le biais d'un serveur OMERO [6]. Nous organisons également des sessions de formation pour aider nos utilisateurs, qu'ils soient biologistes ou bioinformaticiens, à optimiser l'utilisation des ressources informatiques via l'interface de ligne de commande ou l'environnement Galaxy. References [1] Pierre Amato, Ludocic Besaury, Muriel Joly, Benjamin Penaud, Laurent Deguillaume and Anne-Marie Delort. Metatranscriptomic exploration of microbial functioning in clouds. Scientific Reports 9: 4383, 2019. [2] François Balfourier, Sophie Bouchet, Sandra Robert, Romain De Oliveira, Hélène Rimbert, Jonathan Kitt, Frédéric Choulet, IWGS Consortium, BreedWheat Consortium and Etienne Paux. Worldwide phylogeography and history of wheat genetic diversity. Science Advances 5(5): eaav0536, 2019 [3] Caroline Pont, Thibault Leroy, Michael Seidel, Alessandro Tondelli, Wandrille Duchemin, David Armisen, Daniel Lang, Daniela, Bustos-Korts, Nadia Goué, François Balfourier, Márta Molnár-Láng, Jacob Lagen Benjamin Kilian, Hakan Özkan, Darren Waite, Sarah Dyer, Letellier Thomas, Michael Alaux, WHEALBI consortium, Joanne Russel, Beat Keller, Fred van Eeuwijk, Manuel Spannagl, Klaus Mayer, Robbie Waugh, Nils Stein, Kuigi Cattivelli, Georg Haberer, Gilles Charmet and Jérôme Salse. Tracing the ancestry of modern bread wheats. Nature Genetics, (51): 905-911, 2019 [4] Olivier Filangi, Yoann Beausse, Anthony Assi, Ludovic Legrand, Jean-Marc Larré, Véronique Martin, Olivier Collin, Christophe Caron, Hugues Leroy, David Allouche. BioMAJ: A flexible framework for databanks synchronization and processing. Bioinformatics, 24(16): 1823-1825, 2008. [5] Enis Afgan, Dannon Baker, Bérénice Batut, Marius van den Beek , Dave Bouvier, Martin Cech, John Chilton, Dave Clements, Nate Coraor, Björn Grüning, Aysam Guerler, Jennifer Hillman-Jackson, Saskia Hiltemann, Vahid Jalili, Helena Rasche, Nicola Soranzo, Jeremy Goecks, James Taylor, Anton Nekrutenko and Daniel Blankenberg. The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses : 2018 update. 46(W1) : W537-W544, 2018. [6] http://www.openmicroscopy.org/
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Dates et versions

hal-04166998 , version 1 (20-07-2023)

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Identifiants

  • HAL Id : hal-04166998 , version 1

Citer

Nadia Goué, David Grimbichler, Pierre Peyret, Antoine Mahul. Auvergne Bioinformatics platform at UCA Mesocentre. JOBIM, Jun 2020, Montpellier, France. ⟨hal-04166998⟩
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